Haliç'e bakan Zeyrek yamacında yükselen bu yapı, aslında 12. yüzyılda İmparator II. İoannes Komnenos ve eşi İmparatoriçe Eirene tarafından kurdurulan görkemli Pantokrator (Her Şeye Kadir İsa) Manastırı'nın kilise topluluğudur. Ayasofya'dan sonra İstanbul'da ayakta kalan en büyük Bizans dinî yapısı olarak kabul edilir ve Orta Bizans mimarisinin başkentteki en iyi örneğidir.

Manastır, birbirine bitişik iki kilise ile aralarındaki bir cenaze şapelinden oluşur; burası aynı zamanda Komnenos hanedanının imparatorluk türbesiydi. İstanbul'un fethinden kısa süre sonra ana kilise camiye çevrildi, manastır ise bir dönem medrese olarak kullanıldı. Yapıya adını, burada ders veren âlim Molla Zeyrek vermiştir.

Görülmeye değer kılan şey, katmanlı tarihidir: dıştan mütevazı tuğla duvarların ardında, restorasyonlarla yeniden açığa çıkarılan renkli mermer kaplamalar, opus sectile zemin ve zarif Bizans detayları saklıdır. Zeyrek, çevresindeki dar Osmanlı sokakları ve ahşap evleriyle birlikte UNESCO Dünya Mirası alanının kalbini oluşturur; Haliç manzarası da cabası.